ตะกร้อ ไทยแลนด์ ลีก 2549 เป็นการแข่งขันตะกร้อไทยแลนด์ลีกครั้งที่ 5 รูปการแข่งขันเดิมมีทีมเข้าร่วมการแข่งขันตะกร้อ ไทยแลนด์ ลีกทั้งหมด 8 ทีม โดยเริ่มแข่งขันครึ่งฤดูกาลแรกระหว่างวันที่ 29 เมษายน ถึง 10 มิถุนายน 2549 และครึ่งฤดูกาลหลังระหว่างวันที่ 17 มิถุนายน ถึง 29 กรกฎาคม 2549 โดยแข่งในระบบเหย้าเยือนพบกันหมดเป็นจำนวนทีมละ 14 นัดระบบการแข่งขันตะกร้อ ไทยลีก ดิวิชั่น 1 แต่ละสโมสรสามารถส่งชื่อผู้เล่นตลอดฤดูกาลแข่งขันได้ไม่เกิน 18 คน ในการทำการแข่งขันแต่ละครั้ง จะส่งทีมลงทำการแข่งขันได้ 2 ทีม คือทีม ก. กับ ทีม ข. แต่ละทีมจะส่งรายชื่อลงทำการแข่งขันได้ไม่เกิน 5 คน ตัวจริง 3 คน ตัวสำรอง 2 คน เปลี่ยนตัวได้ 1 คน ในการทำการแข่งขันแต่ละครั้ง หากสามารถชนะได้ทั้ง 2 ทีม จะได้ 2 คะแนน ชนะทีมเดียวจะได้ 1 คะแนน แพ้ทั้ง 2 ทีม จะได้ 0 คะแนนการจัดลำดับบนตารางคะแนน ดังนี้
ทีมที่ได้คะแนนรวมสูงสุดเมื่อสิ้นสุดฤดูกาลเป็นทีมชนะเลิศ ส่วนทีมที่ได้คะแนนรองลงมาจะถูกจัดอันดับลดหลั่นกันตามคะแนนรวมที่ได้จนถึงทีมสุดท้าย ในกรณีที่มีทีมมากกว่า 1 ทีมขึ้นไป ได้คะแนนรวมเท่ากันเมื่อสิ้นสุดฤดูกาลให้ใช้เกณฑ์พิจารณาเรียงลำดับ ดังนี้
ทีมชนะเลิศปีนี้คือ แพร่